Restaurer la flore intestinale pas à pas

Une diarrhée et une constipation persistantes peuvent être le signe d’une flore intestinale perturbée. Quelle est l’importance d’un intestin sain et quand un assainissement intestinal est-il pertinent?

Texte: Abital Rauber et Jocelyne Iten

Images: Sebastian Doerk

7 min

11.03.2026

L’essentiel en bref

  • L’intestin a une forte influence sur le système immunitaire, le métabolisme et le psychisme; une flore intestinale saine a un effet anti-inflammatoire et peut même atténuer les symptômes dépressifs.
  • Une flore intestinale perturbée se manifeste entre autres par des problèmes digestifs ou une sensibilité aux infections et peut aggraver des maladies chroniques ainsi que des maladies auto-immunes.
  • En médecine complémentaire, l’assainissement intestinal désigne une modification globale de l’alimentation, du mode de vie et de la gestion du stress, et non des lavements intestinaux agressifs.
  • Les nettoyages invasifs de l’intestin peuvent endommager le microbiome et ne sont généralement pas recommandés; des adaptations individuelles du mode de vie sont plus pertinentes.
  • Pour un mode de vie respectueux de l’intestin, il est recommandé de consommer des aliments riches en fibres, peu transformés et fermentés, de manger trois fois par jour, sans grignoter entre les repas, et de limiter sa consommation de sucre, de plats préparés, de viande et d’alcool.

On dit souvent que la santé commence dans l’intestin. En effet, l’intestin joue un rôle central pour le système immunitaire, le métabolisme et le bien-être général.

Il semble donc logique d’envisager un assainissement intestinal en cas de troubles. Mais est-ce vraiment pertinent et y a-t-il aussi des risques?

Quelle est l’importance d’une flore intestinale saine?

Les bactéries de notre intestin renforcent le système immunitaire et veillent à ce que la muqueuse intestinale reste intacte. Elles favorisent également la digestion et le métabolisme, et produisent des acides gras à chaîne courte qui ont un effet anti-inflammatoire dans l’organisme.

Aujourd’hui, on sait aussi que les personnes dont le microbiome est en bonne santé sont souvent en meilleure forme psychique. «Il existe des études en psychiatrie menées avec des probiotiques, c’est-à-dire des bactéries lactiques, qui soutiennent positivement la flore intestinale, explique Sarah Müllhaupt, naturopathe à Zurich.

On a constaté que la réactivité cognitive des patientes et patients du groupe test recevant des probiotiques avait diminué plus fortement que celle des patientes et patients du groupe placebo.» En psychologie, la réactivité cognitive décrit à quel point une humeur triste peut déclencher des pensées négatives. 

Comment savoir si la flore intestinale est perturbée?

Une flore intestinale perturbée peut se manifester par divers symptômes. Citons à titre d’exemple:

  • Constipation
  • Flatulences
  • Diarrhée
  • Syndrome de l’intestin irritable
  • Sensibilité accrue aux infections et aux allergies

Mais une flore intestinale perturbée peut aussi aggraver des maladies chroniques comme la névrodermite, l’asthme, la sclérose en plaques, la maladie d’Hashimoto et d’autres maladies auto-immunes.

«Quand on comprend l’influence de l’intestin sur la santé et ce qui peut le perturber, il est souvent plus facile de s’adapter.»

Sarah Müllhaupt, naturopathe

Qu’est-ce qu’un assainissement intestinal?

En médecine complémentaire, on entend par assainissement intestinal non pas un traitement invasif bref au cours duquel l’intestin est complètement nettoyé, mais une analyse et une adaptation globales.

L’assainissement intestinal prend toujours en compte le sommeil, l’alimentation, l’activité physique, la gestion du stress et, avant tout, l’information. «Quand on comprend l’influence de l’intestin sur la santé et ce qui peut le perturber, il est souvent plus facile de s’adapter», explique Sarah Müllhaupt. 

L’intestin, notre deuxième cerveau et microbiote

Chaque personne transporte avec elle 1,5 kg de bactéries, dont la majeure partie se situe dans l’intestin. La composition des bonnes et des mauvaises bactéries est aussi individuelle qu’une empreinte digitale. Pour une santé gastro-intestinale optimale, il faut un bon équilibre, pour ainsi dire une coexistence pacifique entre les 450 espèces de bactéries qui colonisent l’intestin. Elles produisent des vitamines importantes et protègent l’organisme contre les substances nocives et les agents pathogènes.

Mais ce n’est pas tout: l’intestin, aussi surnommé le «deuxième cerveau», joue également un rôle essentiel dans notre défense immunitaire. Son réseau de nerfs parcourt l’ensemble de notre tube digestif. Il est étroitement lié au système nerveux central du cerveau, qui contrôle la plupart des fonctions vitales.

Quand un assainissement intestinal est-il pertinent?

Toute personne qui souffre fréquemment de problèmes digestifs, qui est constamment fatiguée ou qui remarque, après un traitement antibiotique, que son intestin ne fonctionne pas correctement, devrait envisager un test du microbiome.

«Si le test de laboratoire du microbiome montre clairement une forte colonisation par de mauvaises bactéries et de nombreux germes de putréfaction, ou si de mauvaises bactéries se sont installées, un assainissement intestinal est pertinent», explique Sarah Müllhaupt.

Quels sont les risques?

Il existe des méthodes très invasives comme les douches intestinales, les préparations vendues en pharmacie ou l’hydrothérapie du côlon, au cours desquelles l’intestin est nettoyé. Ce sont des mesures qui réduisent le microbiome, détruisent la biodiversité et éliminent également les bonnes bactéries.

Dans la plupart des cas, il est déconseillé d’y avoir recours. En effet, cela peut libérer des toxines que l’intestin avait déjà liées dans les selles. Pour nettoyer son intestin en douceur, il vaut mieux miser sur une alimentation équilibrée, majoritairement végétale, un sommeil suffisant et un faible niveau de stress.

Vidéo : Restaurer la flore intestinale – utile ou pas ?

Restaurer la flore intestinale: pas à pas

Tout d’abord, une anamnèse détaillée permet de déterminer les facteurs qui perturbent la digestion:

  • La digestion fonctionne-t-elle correctement?
  • Quel est le mode de vie, la situation familiale, le niveau de stress?
  • Quelles sont les maladies existantes? 
  • La personne doit-elle prendre régulièrement des médicaments? 

Tous ces éléments ont une forte influence sur la santé intestinale et le microbiome.

Les étapes suivantes sont individuelles et doivent être discutées avec un professionnel de la santé. Pour certaines patientes et certains patients, il suffit d’intégrer davantage d’aliments d’origine végétale dans leur régime alimentaire, tandis que d’autres ont besoin d’un changement complet d’alimentation.

Quels sont les avantages d’une analyse du microbiome?

La médecine conventionnelle considère souvent que les analyses du microbiome sont peu utiles, car la science ne peut en tirer que peu de recommandations concrètes, comme l’écrit l’Hôpital universitaire de Zurich. Une analyse du microbiome des selles ne serait qu’un instantané, influencé par de nombreux facteurs. 

La naturopathe objecte: «L’‹empreinte digitale du microbiome de base› est très individuelle et relativement stable. On peut se la représenter comme une empreinte digitale.» La prise d’antibiotiques ou une forte diarrhée peuvent la modifier rapidement et considérablement.

Néanmoins, le microbiome ne change pas complètement chaque jour. «On peut donc tout à fait tirer des informations de l’analyse», selon l’experte. 

On peut par exemple savoir comment se porte la muqueuse intestinale en général, s’il y a des inflammations ou si elle est bien étanche. Mon microbiome héberge-t-il une grande diversité bactérienne, y a-t-il une prolifération de mauvaises bactéries ou une carence en bonnes bactéries? 

Sur la base de ces résultats et de l’anamnèse globale du mode de vie et de la santé, chaque patiente et chaque patient reçoit des recommandations personnalisées. Celles-ci vont des exercices de respiration aux changements d’habitudes alimentaires, en passant par les compléments alimentaires. 

Alimentation respectueuse de l’intestin

  • Aliments conseillés: lesquels devrais-je consommer?

    Aliments riches en fibres et prébiotiques:

    «Les fibres nourrissent abondamment les bonnes bactéries. Il faut privilégier des aliments aussi naturels et peu transformés que possible, et varier les plaisirs», explique Sarah Müllhaupt. 

    • Grains de céréales finement moulus comme les flocons d’avoine, le son de blé
    • Pommes de terre et riz cuits et refroidis
    • Quinoa
    • Brocoli
    • Chicorée
    • Artichauts (particulièrement riches en fibres prébiotiques)
    • Topinambour (riche en inuline, prébiotique)
    • Pommes (non pelées)
    • Baies (framboises, myrtilles)
    • Bananes (légèrement vertes = plus d’amidon résistant)
    • Pruneaux

    Aliments probiotiques:

    «Les aliments fermentés sont très précieux. L’idéal est de consommer deux aliments fermentés différents par jour. Ils contiennent des bactéries lactiques et favorisent la diversité bactérienne», précise Sarah Müllhaupt. En font partie:

    • Kéfir
    • Choucroute (crue, non pasteurisée)
    • Kimchi
    • Miso
    • Tempeh
    • Kombucha
    • Chicorée
    • Poireau
    • Asperges

    Non seulement l’alimentation joue un rôle, mais aussi l’hydratation. L’intestin a besoin de suffisamment de liquide pour rester en bonne santé. L’eau, les tisanes non sucrées ou les bouillons de légumes sont à privilégier. Boire aide l’intestin à se détoxifier et à digérer. 

  • Aliments déconseillés

    Trop de sucre, les plats préparés ou une consommation excessive de viande nuisent à l’intestin à moyen et long terme.  

    Aliments sucrés et transformés: 

    • Toutes sortes de sucreries, gâteaux, pâtisseries 
    • Sodas et boissons sucrées 
    • Céréales de petit-déjeuner très sucrées 
    • Chips et snacks salés 

    Produits contenant de nombreux additifs 

    • Fast-food: burgers, frites, aliments frits en général
    • Viande transformée: charcuterie, saucisses, lard

    De plus, la prudence est de mise avec l’alcool. Une consommation excessive d’alcool nuit aussi bien à la flore intestinale qu’à la muqueuse intestinale.

  • Exemple de journée type

    Petit-déjeuner: flocons d’avoine avec graines de lin et de chia, myrtilles, yaourt nature, cannelle

    Déjeuner: curry de patates douces avec épinards, pois chiches et curcuma

    Dîner: brocolis et choux-fleurs au four avec quinoa, sauce tahini-citron 

Que propose ma caisse maladie sur le thème de l’intestin?

En règle générale: l’assurance de base prend en charge les coûts en cas de maladie, d’accident ou de maternité. Avec les assurances complémentaires, vous comblez des lacunes importantes que l’assurance de base ne prend pas en charge ou seulement partiellement, comme les méthodes de médecine alternative, les conseils nutritionnels ou les analyses du microbiome. 

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Questions fréquentes sur l’assainissement intestinal

  • Combien de temps dure un assainissement intestinal?

    C’est très individuel. Selon la situation initiale, il s’agira plutôt d’ajuster quelques habitudes ou de procéder à un rééquilibrage complet. La muqueuse intestinale peut se rétablir rapidement, mais reconstituer la biodiversité est souvent un processus plus long. En moyenne, il faut compter de trois à six mois.

    Mais la question est toujours de savoir dans quelle mesure j’adapte mon alimentation et mon mode de vie. Pour le microbiome, la fréquence des repas est aussi importante que la bonne alimentation. Autrement dit, la fréquence à laquelle on mange.  

  • Quelle est la plus grosse erreur à ne pas commettre lors d’un assainissement intestinal?

    «Beaucoup de gens sous-estiment l’influence du grignotage sur la santé intestinale. Si l’on grignote beaucoup entre les repas, cela stimule l’intestin, qui travaille constamment et finit par être sursollicité», explique Sarah Müllhaupt. Il est recommandé de prendre trois repas par jour, espacés de quatre heures chacun.

    Idéalement, on ne devrait plus rien manger quatre heures avant de se coucher. «Si la nourriture n’est pas correctement digérée, la qualité du sommeil est également affectée. Cela peut provoquer de la putréfaction. En effet, pendant le sommeil, l’énergie est consacrée à la régénération et au renouvellement cellulaire, et non à la digestion», précise la naturopathe. 

  • Est-ce que les cures intestinales peuvent m’aider à perdre du poids?

    L’objectif principal d’une cure intestinale n’est pas la perte de poids. Mais il est possible que le métabolisme soit temporairement stimulé. Souvent, pour perdre du poids, il est aussi utile de se défaire du stress constant des régimes.

    En effet, le stress ralentit le métabolisme. Si, au lieu de cela, on mise sur une alimentation saine, moins de stress et un microbiome stable, le poids peut se réguler.

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